Fue creada mediante Resolución Ministerial  Nº 199-98-JUS del 10 de Setiembre del 1998, la misma que aprobó el Reglamento de Organización y Funciones  del INPE (ROF), estableciéndose dos nuevos órganos desconcentrados entre ellos la Dirección Regional Nor Oriente San Martín, denominada hoy Oficina Regional Nor Oriente San Martín.